El IPPDH es un organismo intergubernamental, creado en 2009 por Decisión del Consejo del Mercado Común, con el objeto de contribuir a la democracia y a consolidar los derechos humanos como eje fundamental de la identidad y desarrollo del MERCOSUR, mediante la cooperación técnica para la coordinación de políticas públicas.
Sus líneas estratégicas de trabajo son aprobadas por la Reunión de Altas Autoridades sobre Derechos Humanos (RAADH), integrada por las principales autoridades de las instituciones competentes en la materia de los Estados Partes y Asociados del MERCOSUR.
Sus ejes de trabajo son: asistencia técnica; formación y capacitación; investigación y gestión de la información; diálogo y participación; y comunicación y cultura en derechos humanos.