El IPPDH está integrado por el Consejo de Representantes Gubernamentales y la Secretaría Ejecutiva, con sus cinco departamentos.
El Consejo de Representantes Gubernamentales es el órgano directivo del Instituto. Está integrado por un representante gubernamental titular y un alterno de cada Estado Parte designados a tal fin por la Reunión de Altas Autoridades sobre Derechos Humanos del MERCOSUR (RAADH).
Los departamentos son instancias de apoyo a la gestión institucional y cada uno de ellos estará a cargo de un Jefe, responsable ante el Secretario Ejecutivo.
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