As alianças e vínculos institucionais são definidos a partir dos trabalhos de assistência técnica; a provisão de espaços de reflexão, o diálogo e intercâmbio de informação; a realização de atividades de capacitação e pesquisas e a criação de projetos conjuntos. As contrapartes institucionais do IPPDH são organizações públicas ou sociais que se encontram relacionadas, direta ou indiretamente, com a proteção e a promoção dos direitos humanos e/ou a formação de políticas públicas a respeito, no contexto do processo de integração regional do MERCOSUL.